| 番号 | 発令日 | 内容 |
|---|---|---|
| 第1号 | 1941年11月5日 | 連合艦隊司令長官に対米英蘭開戦準備を発令 |
| 第2号 | 1941年11月5日 | 支那方面艦隊司令長官に対米英蘭開戦準備を発令 |
| 第3号 | 1941年11月5日 | 各鎮守府司令長官と各要港部司令官に対米英蘭開戦準備を発令 |
| 第4号 | 1941年11月20日 | 大阪警備府司令長官に対米英蘭開戦準備を発令 |
| 第5号 | 1941年11月21日 | 連合艦隊司令長官に所要部隊の作戦海面進出と作戦準備中のやむを得ない場合の武力行使を発令 |
| 第6号 | 1941年11月21日 | 支那方面艦隊司令長官に作戦準備中のやむを得ない場合の武力行使を発令 |
| 第7号 | 1941年11月21日 | 各鎮守府司令長官と各警備府司令長官に作戦準備中のやむを得ない場合の武力行使を発令 |
| 第8号 | 1941年11月21日 | 呉鎮守府司令長官に大阪警備府の所管警備区内の哨戒、警戒、交通保護を発令 |
| 第9号 | 1941年12月1日 | 連合艦隊司令長官に対米英蘭開戦決定と東洋方面の敵艦隊および敵航空兵力の撃滅、南方軍と協同して米英蘭の根拠地と要域確保を発令 |
| 第10号 | 1941年12月1日 | 支那方面艦隊司令長官に対米英蘭開戦決定と陸軍と協同して香港の攻略と支那方面の米英兵力の撃滅を発令 |
| 第11号 | 1941年12月1日 | 各鎮守府司令長官と各警備府司令長官に対米英蘭開戦決定と各担任区域内の防備、海上交通の保護、付近敵艦船の撃滅と連合艦隊の作戦に協力を発令 |
| 第12号 | 1941年12月2日 | 連合艦隊司令長官に武力発動の時機を12月8日午前0時以後と発令 支那方面艦隊司令長官、各鎮守府司令長官、各警備府司令長官は連合艦隊の開戦第一撃の報を得次第、武力を発動 |
| 第13号 | 1942年1月14日 | 鎮海警備府司令長官に昭和17年1月15日以降、旅順警備府の現作戦任務の継承を発令（旅順警備府廃止に伴う任務継承） |
| 第14号 | 1942年2月7日 | 連合艦隊司令長官に南方軍と協同してポルトガル領チモールの攻略を発令 |
| 第15号 | 1942年2月7日 | 連合艦隊司令長官に南方軍と協同してアンダマン諸島の攻略を発令 |
| 第16号 | 1942年4月10日 | 連合艦隊司令長官に南西方面艦隊司令長官が指揮する第1海上護衛隊の担当海域を指示 |
| 第17号 | 1942年4月10日 | 連合艦隊司令長官に第4艦隊司令長官が指揮する第2海上護衛隊の担当海域を指示 |
| 第18号 | 1942年5月5日 | 連合艦隊司令長官に陸軍と協力してミッドウェーとアリューシャンの攻略を発令 |
| 第19号 | 1942年5月18日 | 連合艦隊司令長官に第17軍と協同してニューカレドニア、フィジー、サモアの攻略を発令 |
| 第20号 | 1942年7月11日 | 連合艦隊司令長官にミッドウェー、ニューカレドニア、フィジー、サモアの攻略中止を発令 |
| 第21号 | 1942年10月7日 | 横須賀鎮守府司令長官に同鎮守府と大湊警備府所管警備区にわたる海上交通保護の統制を発令 |
| 第22号 | 1942年10月21日 | 呉鎮守府司令長官に大阪警備府所管警備区内の防空と瀬戸内海の防衛実施の統制を発令 横須賀鎮守府司令長官に同鎮守府と大阪警備府所管警備区にわたる海上交通保護の統制を発令 |
| 第23号 | 1943年1月4日 | 連合艦隊司令長官に陸軍と協同してソロモン群島の要域確保とニューギニアの要域を攻略確保、在ガ島部隊の撤収を発令 |
| 第24号 | 1943年1月30日 | 支那方面艦隊司令長官に陸軍と協力して広州湾仏租借地に進駐を発令 |
| 第25号 | 1943年9月9日 | 連合艦隊司令長官、支那方面艦隊司令長官、各鎮守府司令長官、各警備府司令長官に伊国を敵国として措置することを発令 |
| 第26号 | 1943年11月15日 | 海上護衛総司令長官に海上交通保護に関して発令 |
| 第27号 | 1944年2月1日 | 第1航空艦隊司令長官に内南洋および比島方面への進出を発令 |
| 第28号 | 1944年6月25日 | 横須賀鎮守府司令長官に横須賀海軍航空隊の作戦に関して連合艦隊司令長官の指揮を受けることを発令 |
| 第29号 | 1944年6月29日 | 第2航空艦隊司令長官に本土西部、南西諸島および台湾方面への展開を発令 |
| 第30号 | 1944年7月19日 | 横須賀、呉、佐世保の各鎮守府司令長官に各航空隊戦闘機隊の作戦に関し防衛総司令官の指揮を受けることを発令 |
| 第31号 | 1944年7月24日 | 第2航空艦隊司令長官に第8飛行師団、飛行第7戦隊、飛行第98戦隊を指揮することを発令 |
| 第32号 | 1944年7月24日 | 第12航空艦隊司令長官は第1飛行師団を指揮し、北海道と千島方面の防御作戦に関しては第5方面軍司令官の指揮を受けることを発令 |
| 第33号 | 1944年8月9日 | 連合艦隊司令長官に捷号作戦、海上護衛作戦、対潜作戦の実施上、特に必要とする事項に関し海上護衛総司令部部隊、各鎮守府部隊、各警備府部隊を指揮することを発令 |
| 第34号 | 1944年8月17日 | 第8飛行師団隷下の飛行第29戦隊を第2航空艦隊司令長官の指揮から除くことを発令 |
| 第35号 | 1944年8月21日 | 連合艦隊司令長官に捷号作戦、海上護衛作戦、対潜作戦の実施上、特に必要とする事項に関し支那方面艦隊を指揮することを発令 |
| 第36号 | 1945年1月1日 | 連合艦隊司令長官に作戦に関し支那方面艦隊、各鎮守府部隊、各警備府部隊、海上護衛総司令部部隊を指揮することを発令 |
| 第37号 | 1945年1月20日 | 連合艦隊司令長官に「連合艦隊司令長官の準拠すべき作戦指導大綱」を示達 |
| 第38号 | 1945年4月8日 | 連合艦隊司令長官に内地（南西諸島を除く）、朝鮮、樺太、およびその近海方面における陸海軍の指揮関係を明示 |
| 第39号 | 1945年4月25日 | 海軍総司令長官に連合艦隊司令長官の任務継承を発令 |
| 第40号 | 1945年5月24日 | 南東方面艦隊司令長官と南西方面艦隊司令長官にあらためて任務を発令 |
| 第41号 | 1945年5月23日 | 海軍総司令長官に「支米英支作戦中、ソ連と開戦する場合当面の海軍作戦方針」を示達 |
| 第42号 | 1945年6月20日 | 高雄警備府司令長官は作戦に関し第10方面軍司令官の指揮を受けることを発令 |
| 第43号 | 1945年6月28日 | 飛行第7戦隊、飛行第98戦隊を連合艦隊司令長官の指揮から除くことを発令 |
| 第44号 | 1945年8月11日 | 海軍総司令長官に決号作戦兵力の温存を顧慮することなく対米作戦を強化することを発令 |
| 第45号 | 1945年8月11日 | 海軍総司令長官に対ソ作戦を開始することを発令 |
| 第46号 | 1945年8月11日 | 鎮海警備府司令長官は元山方面根拠地隊の陸上作戦に関し関東軍総司令官の指揮を受けることを発令 |
| 第47号 | 1945年8月15日 | 海軍総司令長官に積極攻勢を見合わせることを発令 |
| 第48号 | 1945年8月16日 | 海軍総司令長官、南東方面艦隊司令長官、南西方面艦隊司令長官に自衛戦闘行動以外の戦闘行動を即時停止することを発令 |
| 第49号 | 1945年8月17日 | 海軍総司令長官、南東方面艦隊司令長官、南西方面艦隊司令長官に別に定める時期以後、一切の戦闘行動を停止することを発令 |
| 第50号 | 1945年8月19日 | 海軍総司令長官、南東方面艦隊司令長官、南西方面艦隊司令長官、第10方面艦隊司令長官、高雄警備府司令長官に8月22日0時をもって一切の戦闘行動の停止と作戦任務を解くことを発令 |
| 第51号 | 1945年8月21日 | 海軍総司令長官に航空機の飛行禁止を発令 |
| 第52号 | 1945年8月21日 | 連合艦隊司令長官、第3航空艦隊司令長官、第5航空艦隊司令長官、第10航空艦隊司令長官、横須賀鎮守府司令長官、佐世保鎮守府司令長官に連合国軍の本土進駐を円滑に実施できるようにすることを発令 |
| 第53号 | 1945年8月22日 | 連合艦隊司令長官、第4艦隊司令長官、第6艦隊司令長官、第7艦隊司令長官、第3航空艦隊司令長官、第5航空艦隊司令長官、第10航空艦隊司令長官、大阪警備府司令長官、大湊警備府司令長官、鎮海警備府司令長官、各鎮守府司令長官に自発的な武装解除を発令 |
| 第54号 | 1945年8月22日 | 南東方面艦隊司令長官、南西方面艦隊司令長官、支那方面艦隊司令長官に停戦と武装解除を発令 |
| 第55号 | 1945年8月24日 | 海軍総司令長官に連絡輸送用として一部の航空機の使用を許可 |
| 第56号 | 1945年8月27日 | 連合艦隊司令長官、南東方面艦隊司令長官、南西方面艦隊司令長官、支那方面艦隊司令長官、第10方面艦隊司令長官、高雄警備府司令長官に停戦実施時期の報告と作戦任務解除を発令 |
| 第57号 | 1945年9月1日 | 海軍大臣、軍令部総長、各艦隊司令長官、各鎮守府司令長官、各警備府司令長官に政府大本営布告一般命令に関して指示 |
